皇家马略卡成立于1916年，乃西班牙外岛的球会，成立早期球会名称是Junta Directiva del Alfonso XIII FBC，主场则是Buenos Aires。一年后球会改名作Real Sociedad Alfonso XIII，至1931年因为政治原因再改名作Club Deportivo Mallorca，于1949-50年度球季再加上“皇家”(Real)字眼。

1990-91年度球季，第一次晋身西班牙杯决赛，结果以一球不敌马德里体育会，屈居亚军。

1997-98年度球季，再次晋身西班牙杯决赛，射12码败给巴塞隆拿，再次屈居亚军。不过，由于巴塞隆拿赢得西甲联赛及西班牙杯“双料冠军”，皇家马略卡遂获得欧洲杯赛冠军杯参赛资格，并且成功晋身决赛，以1比2不敌意甲球会拉素，只能屈居亚军，这亦是球会在欧洲赛至今最佳成绩。

皇家马略卡1998-99年度获得球会历来最佳的西甲联赛季军，因此首次获得欧联参赛资格，惟在附加赛已被淘汰，无缘角逐分组赛。

2019年6月，上季才于西乙B级升级的皇家马略卡体育会，于西乙附加赛决赛以三球击败了拉科鲁尼亚，于阔别六年后再度重返西甲联赛。